Der Auftrag an die Firma Thermo Fisher erging im Verhandlungsverfahren ohne Aufruf zum Wettbewerb. Dieses Verfahren wurde nach Rücksprache mit dem Auftragsberatungszentrum Bayern e. V. aus sachlichen Gründen (gemäß §8 Abs. 4 Nr. 10 UVgO) gewählt. Die Begründung für die Wahl dieses Verfahrens lautet wie folgt:
a) Das Orbitrap Eclipse und Exploris Gerätesystem beinhaltet in wesentlichen Teilen patentgeschützte Technologie,
b) Das Orbitrap Ecplipse und Exploris Instrument kann nur von dieser einen Firma bezogen werden(single source),
c) Wissenschaftliche und betriebsbedingte Gründe gemäß des Antrages auf dessen Grundlage das Gerät von der DFG bewilligt wurde.