Sequenzierungsplattform für Molekularpathologie

Für den Ausbau der Molekularpathologie wird eine next-gen-Sequenzierungsplattform benötigt, mit Zubehör, einem Starterkit und einem dazugehörigen Server.

Hauptort der Ausführung: Universitätsmedizin Greifswald Institut für Pathologie Friedrich-Loeffler-Str. 23e 17489 Greifswald

Für den Aufbau eine Seqeunzierungsstrecke in der Molekularpathologie wird eine Next-Gen-Sequenzierungsgerät benötigt für die DNA-Sequenzierung und die Array-Analysen für die genomweite Methylierungsanalyse. Im Rahmen der Beschaffung wird ein Sequenzierungsgerät beauftragt, mit externen Serversystem zur Berechnung und allem zum Betrieb benötigten Zubehör.

Erläuterung:

Der öffentliche Auftraggeber beabsichtigt, im Verhandlungsverfahren ohne Teilnahmewettbewerb gemäß § 14 Abs. 4 Nr. 2 b VgV einen Auftrag über die Beschaffung eines speziellen Sequenzierungsgeräts für die Molekularpathologie zu vergeben. Diese Verfahrensart ist zulässig, weil zum Zeitpunkt der Aufforderung zur Abgabe von Angeboten der Auftrag nur von einem bestimmten Unternehmen erbracht oder bereitgestellt werden kann, da aus technischen Gründen kein Wettbewerb vorhanden ist.

Das Sequenzierungsgerät des eingeladenen Anbieters ist das einzige auf dem Markt verfügbare Gerät, das die von dem Labor benötigten Leistungsanforderungen erfüllt. Diese bestehen in der Kombination aus der DNA-Sequenzierung mit den TSO500 Panels und Array-Analysen für die genomweite Methylierungsanalyse.

Mit Hilfe des umfangreichen TSO500 Panels und der Sequenzierung können verschiedene Krebsentitäten auf DNA- und RNA-Ebene untersucht werden. Es löst damit die Analyse mit verschiedenen, entitätsspezifischen, kleineren DNA- und RNA-Panels ab und ermöglicht eine umfangreichere Testung prognostisch und therapeutisch relevanter Mutationen und Fusionen in zahlreichen verschiedenen Krebsentitäten. Diese Pan-Krebs-Analyse stellt eine gute Grundlage für zukünftige Therapieentscheidungen im Rahmen eines molekularen Tumorboards dar. Neben soliden Tumoren können auch hämatologische Neoplasien untersucht werden.

Die genomweite Methylierungsanalyse ermöglicht die Verbesserung der diagnostischen Präzision. Die Erhebung der Methylierungsprofile erlaubt neben einer weiterführenden Tumorsubtypisierung auch die Bestimmung wichtiger prädiktiver und prognostischer Marker wie z.B. die Methylierung des Promotorbereichs von MLH1 bei Patientinnen mit Endometrium- und Kolonkarzinomen oder die Methylierung des Promotorbereichs von MGMT bei Patientinnen mit Glioblastom. Weitere wichtige Biomarker, die so bestimmt werden können sind beispielsweise HER2, EGFR, und LOH 1p/19q. Die erhobenen epigenetischen Profile sind gewebespezifisch bzw. tumorspezifisch und haben daher einen hohen diagnostischen Nutzen, da zum Beispiel Metastasen von einem bislang unbekannten Primarius (sog. CUP-Syndrom) nicht mit histologischen, sondern mit Hilfe der epigenetischen Signatur dem Ursprungsgewebe zugeordnet werden können. Diese Zuordnung ist häufig therapieentscheidend. Mit Hilfe der genomweiten Methylierungsanalyse können des Weiteren zahlreiche aufwendige und teure Zusatzuntersuchungen (wie z.B. FISH, DNA-Panel-Analysen oder Immunhistochemie) eingespart werden. Für die ZNS-Tumoren konnte gezeigt werden, dass die hohe diagnostische Trennschärfe des auf epigenetischen Tumorsignaturen basierenden "Hirntumor-Classifiers" eine außergewöhnlich gute, mit der konventionellen Histologie nicht zu erreichende diagnostische Präzision bietet. Im Rahmen einer integrierten Diagnose gelingt damit eine diagnostische Zuordnung in prognostisch und prädiktiv relevante Tumorsubtypen, welches die Grundlage für eine entsprechende Therapie und Nachsorge des/der Patient*in darstellt.

Die Beschaffung des Sequenzierungsgeräts ist daher für die Erfüllung der diagnostischen Aufgaben des Labors unerlässlich und kann nur von dem eingeladenen Anbieter erbracht werden.