Next Generation Sequencing System (NGS)

Es wird eine leistungsfähige Nukleinsäure-Sequenzierplattform der nächsten Generation ausgeschrieben (Next-Generation-Sequencing, NGS). Die anzuschaffende Plattform soll auf Nanoporen-basierter Technologie beruhen. Das Gerät soll komplette Genome von Bakte-rien, Viren und Pilzen sequenzieren, was sehr lange Sequenzier-Reads (10.000 - 100.000 Basenpaar/Read) erforderlich macht. Zudem soll das Gerät in der Lage sein bakterielle und virale RNA direkt, ohne Umschreibung in cDNA zu analysieren. Details zu den geforderten Spezifikationen sind in der unten aufgeführten Auflistung zu finden. Als Budget steht ein maximaler Betrag in Höhe von 80.300,00 Euro inkl. MwSt. zur Verfügung.

Hauptort der Ausführung: Leibniz-Institut für Photonische Technologien e.V. (Leibniz-IPHT), Albert-Einstein-Straße 9, 07745 Jena.

Technische Spezifikationen (Mindestanforderungen)

1. Long Reads

Die Sequenzierplattform soll in der Lage sein, Long Reads mit einer Länge von mindestens 5.000 Basenpaaren zu generieren. Ebenfalls soll er aber auch in der Lage sein, Längen ein-zelner reads von mehreren 100.000 Basenpaaren zu generieren, um vorhandene lange repetitive Sequenzen in einem Genom zu überspannen.

2. Flexibilität

Je nach Probenzahl und Genomgröße sollen die Verbrauchsmittel pro Lauf anpassbar sein. Das bedeutet, je nach Probenaufkommen sollen einzelne oder parallelgeschaltete Flusszellen einsetzbar sein, um Wartezeiten und unnötige Kosten zu vermeiden.

3. Genauigkeit

Die Sequenzierplattform soll eine Genauigkeit von mindestens 99% aufweisen, um die Fehlerquote bei der Assemblierung der Genome zu minimieren.

4. Coverage

Die Abdeckung probakteriellem Genom (international als coverage bezeichnet) soll bei ei-nem Sequenzierlauf bei einem Wert von mindestens 30 liegen.

5. High throughput

Pro Lauf/Kavität sollen bis zu 50Gb Daten generiert werden können, um die Coverage bei der Genomassemblierung zu maximieren.

6. Multiplexing

Die Sequenzierplattform soll in der Lage sein, mindestens 5 DNA -oder RNA- Proben zeitgleich zu verarbeiten.

7. Direct RNA-Sequenzierung

Die Sequenzierplattform muss in der Lage sein, RNA direkt und nicht über einen cDNA Schritt zu sequenzieren (z.B.: Genomsequenzierung von RNA-Viren oder bakterielle rRNA).

8. Echtzeitsequenzierung (Read-Until)

Beim Sequenzieren muss das Gerät in der Lage sein, bestimmte DNAs (z.B. Humane DNA) während des Prozesses des Sequenzierens direkt zu erkennen und diese, je nach Vorgabe, gezielt zu sequenzieren oder aus der Analyse auszuschließen. Dies erhöht sowohl die Kapazität der Flusszellen, als auch die Qualität der Sequenzierung in Form nahezu ausschließlich spezifischer Nukleinsäuresequenzen. Hierzu ist eine Echtzeitsequenzierung notwendig.

9. Software

Die Software der Sequenzierplattform soll eine einfache Bedienung und eine intuitive Benutzeroberfläche bieten. Auch Software-Updates sollen einfach und vom Benutzer durchgeführt werden können und mind. für 12 Monate kostenfrei zur Verfügung stehen.

10. Portabilität

Das Gerät soll problemlos an einen anderen Ort transportiert und eingesetzt werden kön-nen.

Preis - Gewichtung: 30

Als Budget steht ein maximaler Betrag in Höhe von 95.200 Euro brutto zur

Verfügung. Die Vergabestelle behält sich vor Angebote über diesem Wert von der

Wertung auszuschließen. Liegen alle Angebote über diesem Betrag ist die

Vergabestelle berechtigt die Ausschreibung aufzuheben. Die Lieferung inkl.

Installation & Einweisung hat bis spätestens zum 30.09.2023 fix zu erfolgen, da

andernfalls die für den Vertrag vorgesehenen Fördermittel nicht rechtzeitig

abgerufen werden können und verfallen. Schlussrechnung ist bis spätestens

05.10.2023 zu stellen.

Das Verfahren unterliegt dem ThürVgG. Es gilt das Recht der Bundesrepublik

Deutschland unter Ausschluss internationaler Vereinbarungen.

Genaue Angaben zu den Fristen für die Einlegung von Rechtsbehelfen: