VerfahrensartVerhandlungsverfahren ohne vorherige BekanntmachungErläuterung:
Die Durchführung eines Verhandlungsverfahrens ohne Teilnahmewettbewerb ist zulässig, „weil aus technischen
Gründen kein Wettbewerb vorhanden ist“ (vgl. § 14 Abs. 4 Nr. 2 lit. b VgV).
Die zu beschaffende In Situ Sequenzierplattform soll in die am DRESDEN-concept Genome Center (DCGC) vorhandene Geräte- und Analyseinfrastruktur für die neu etablierte Spatial Sequencing Unit integriert werden, um das Portfolio des DcGC deutlich zu erweiten. Unter in situ oder auch spatial sequencing versteht man die räumlich aufgelöste umfassende molekulare Charakterisierung von Gewebsproben hinsichtlich z.B. genetischer Variation, Genexpression, epigentischer Veränderungen sowie exprimierten Proteinen.
Das System soll im Rahmen des BMBF geförderten Projektes „Mikrobiota-induzierte Prävention von Darmkrebs bei jungen Menschen“ (Mi-EOCRC) sowie für die in situ Sequening UNIT des DRESDEN-concept Genome Centers eingesetzt werden. Ein wesentlicher Teil des Mi-EOCRC Projektes konzentriert sich auf die genomische Charakterisierung des Einflusses von Darmbakterien (sog. Mikrobiota) auf die Entwicklung von Darmkrebs bei jungen Patienten (unter 50 Jahren Lebensalter) unter Verwendung von Single-Zell-Sequenzierung, Transkriptionsanalysen und in-situ Genomik. Bislang zeigen die Literaturdaten nur, dass Bakterien in der Lage sind, Darmkrebs zu infiltrieren. Die Analyse der Lokalisation innerhalb des Gewebes sowie deren Einfluss auf das Wirtsgewebe können erst jetzt mit der Entwicklung des spatial sequencing vorgenommen werden.
Der Xenium In Situ Analyzer ermöglich eine Auflösung bis zu 1 Mikrometer und kann damit sogar einzelne Zellen in sub-zellulärer Auflösung analysieren. In Kombination mit den vom Hersteller 10X Genomics zur Verfügung gestellten umfangreichen Sets an Hybridierungssonden – die bereits in den Plattformen zur Einzelzellanalytik von 10X Genomics verwendet werden – und der für die Analyse der Daten verfügbaren Xenium Analytics Plattform stellt das System eine hoch integrativ aufgestellte einzigartige Plattform dar. Die herausragenden Alleinstellungsmerkmale seien im Folgenden noch einmal aufgeführt:
• Xenium basiert auf der bewährten (und veröffentlichten) Cartana-Technologie mit einem Vorhängeschloss-Sondenansatz, der eine höhere Empfindlichkeit und Spezifität bietet
• Die Sondentechnologie ermöglicht ein intelligentes Design zur Abfrage spezifischer RNA-Moleküle, wie z. B. verschiedener Varianten des gleichen Gens, nicht-vertebrate RNA zur Untersuchung von Wirt/Pathogen-Interaktionen usw.
• Xenium hat eine große abbildbare Fläche pro Objektträger (12x24 mm) und es verarbeitet zwei Objektträger gleichzeitig, was zu einem hohen Durchsatz führt
• Xenium arbeitet mit gewebespezifischen Panels, die von 10x entwickelt, verifiziert und validiert werden.
Nur der Xenium In Situ Analyzer ermöglich mittels Padlock-Sondentechnologie die hoch spezifische Erweiterung der Sonden-Sets für weitere Zielgene, Genvarianten und Zielproteine. Somit wird in diesem Projekt z.B. die kombinierte Analyse von Wirt- und Bakterieller RNA zur Untersuchung von Wirt/Pathogen-Interaktionen an einem Gewebeschnitt möglich. Dies ist zwingend erforderlich.