Durch die breite Anwendungsmöglichkeit des Autoflex (verschiedene Ionisierungsmodi sowie Reflektor, hohe Laserintensität sowohl CID-Zelle) kann nur mit diesem Gerät das gesamte Spektrum der zu untersuchenden Proben (Proteine und Peptide, Makromoleküle sowie sogenannte Small Molecule Toxins) in der Abteilung für Bakteriologie und Toxinologie mit hoher Empfindlichkeit gemessen und abgedeckt werden. Darüber hinaus entspricht die beim Autoflex genutzte Software zur Daten-Analyse der Software, die auch bei dem am Institut bereits vorhandenen LC-MSMS-System genutzt wird. Dadurch sind die mit der LC und mit dem MALDI generierten Daten kompatibel, was für die geplante Erstellung einer umfangreichen Datenbank zur Identifizierung von Toxinen Voraussetzung ist.