Amplikon-Metabarcoding von verschiedenen Markergenen zur Erfassung der Biodiversität und taxonomischen Identifizierung des Phytoplanktons, Phytobenthos, Makrozoobenthos und der Fischartengemeinschaft in Bundeswasserstraßen

Gegenstand der Ausschreibung ist die Dienstleistung von Amplikon-Sequenzierungen zur taxonomischen Profilierung pro- und eukaryotischer Lebensgemeinschaften aquatischer Habitate aus Umweltproben. Hierfür werden verschiedene Markergene genutzt, z.B. 12S-/16S-/18S-rRNA, COI, ITS, rbcL. Die Analysen müssen zur Erreichung der notwendigen Sequenziertiefe mittels Hochdurchsatzsequenzierung unter Verwendung der Illumina Sequenzierungstechnologie erfolgen.

Die Leistung ist dabei in folgende zwei Arbeitspakete unterteilt:

Arbeitspaket 1: Amplikon-Sequenzierung von PCR Produkten im Hochdurchsatz-Verfahren inkl. Index-PCR und Library-Erstellung.

Arbeitspaket 2: Amplikon-Sequenzierung von Index-PCR Produkten im Hochdurchsatz-Verfahren inkl. Library-Erstellung.

Arbeitspaket 1:

DNA Aufreinigung der durch den AG gelieferten PCR Produkte (200 - 550bp Länge)

NGS Library-Erstellung mit 2. PCR zur Hybridisierung der Illumina Adaptorsequenzen für jede Probe (Index-PCR)

Aufreinigung, Pooling, Normalisierung und QC der Amplikon-Bibliotheken

Anwendung der Methode des bidirektionalen „paired-end sequencing“ (PE)

Die minimale zu verwendende "read length" wird in Absprache mit dem AG je nach PCR-Produkt-Länge der unterschiedlichen Markergene für die jeweilige Charge festgelegt;

- der Gesamtumfang der Leistung beträgt 250 Proben mit mind. 2 × 150bp, 300 Proben mit mind. 2 × 250bp und 700 Proben mit mind. 2 × 300bp „read length“

- die Auswahl der geeigneten Illumina Sequenzierplattform entsprechend der Mindestanforderungen an die „read length“ sowie der zu verwendenden Reagenzien und Kits/Module liegt in der Verantwortung des AN

- die Überlappung der finalen PE-Reads muss mind. 50bp aufweisen

Mindestanzahl von 50.000 Readpaaren (Cluster) pro Probe

Die Qualität der gelieferten Daten muss mindestens den Spezifikationen der verwendeten Sequenzierungsplattform entsprechen (>70% der Basen mit >Q30)

Die Sequenzrohdaten müssen vom AN in einem vom AG weiterbearbeitbaren Format (z.B. FASTQ-Format) geliefert werden und gemäß ihrer Probenzugehörigkeit sortiert sein

Lieferung der Ergebnisse: maximal 30 Arbeitstage nach Erhalt der Proben

Arbeitspaket 2:

Aufreinigung, Pooling, Normalisierung und QC der Amplikon-Bibliotheken, der durch den Auftraggeber gelieferten Index-PCR Produkte (950 Proben)

Anwendung der Methode des bidirektionalen „paired-end sequencing“ (PE) mit einer "read length" von mind. 2 × 150 bp

Mindestanzahl von ca. 50.000 Readpaaren (Cluster) pro Probe

Die Qualität der gelieferten Daten muss mindestens den Spezifikationen der verwendeten Sequenzierungsplattform entsprechen (>75% der Basen mit >Q30)

Die Sequenzrohdaten müssen vom AN in einem vom AG weiterbearbeitbaren Format (z.B. FASTQ-Format) geliefert werden und gemäß ihrer Probenzugehörigkeit sortiert sein

Lieferung der Ergebnisse: maximal 30 Arbeitstage nach Erhalt der Proben

Technischer Support:

Für Rückfragen zu Analyseabläufen sowie zu Ergebnissen der Qualitätskontrolle und den Sequenzdaten ist ein technischer Support via Telefon und/oder E-Mail zu gewährleisten.

Berichtswesen:

die Berichte sind wie folgt zu fertigen:

- Art des Berichtes: Pro Sequenzierauftrag (Charge) ist ein Analyseprotokoll anzufertigen

- Inhalt: Auflistung der bearbeiteten Proben; Dokumentation der Probenaufarbeitung und Library-Erstellung; Aufführung der verwendeten Kits, Techniken, Ressourcen, Programme und Analysenparameter

- Zeitpunkt der Vorlage: mit Lieferung der Sequenzier-Ergebnisse

- Form: digital (Word- und/oder PDF-Format) per E-Mail an den jeweiligen, pro Sequenzierauftrag verantwortlichen Ansprechpartner des AG

Die genaue Beschreibung der Leistung entnehmen Sie bitte der Leistungsbeschreibung.

Anzahl der eingegangenen Angebote von KMU: 3

Anzahl der elektronisch eingegangenen Angebote: 4