Upphandling av Slide scanning microscope

Inom vår forskningsgrupp på KTH, SciLifeLab har vi utvecklat en metod för högupplöst bildåtergivning av vävnad i samband med storskalig sekvensering av genuttrycksmolekyler som fångats från densamma. För detta ändamål har vi utvecklat en laborativ pipeline med bestämda parametrar där format för bilder och data har fixerats. Bilder och data bearbetas efter bildtagning i sin tur i en bioinformatisk dataanalyspipeline.

Vi använder idag det integrerade bildåtergivningssystemet VSlide från Metasystems för att skapa laborativa bilder av vävnad och för att bearbeta dessa bilder. Denna process har automatiserats och är rutinmässig i vårt arbete. Vår fastställda process används i kraftigt ökande grad och ska inom kort även tas i bruk av NGI som kommer att erbjuda metoden som en service inom sin verksamhet. Vi har således kommit till en punkt då vi behöver öka kapaciteten för bildåtergivningen. Av denna anledning behöver vi nu införskaffa ytterligare ett bildåtergivningssystem, identiskt med det VSlide-system vi tidigare använt.

Förklaring:

Utveckling av bildtagning och -bearbetning har fortskridit med mycket goda resultat i drygt fyra år. Vi bedömer att vi på laboratoriesidan under projektet har lagt ned resurser om motsvarande en heltidstjänst under ett år för att anpassa bildinfångningen och bildbearbetningen med hjälp av mikroskop och mjukvaror från MetaSystems till vår standardiserade pipeline. På dataanalyssidan har vi utvecklat en mjukvara för bildbearbetning baserat på vårt nuvarande bildformat.

Det är nödvändigt att bildupptagning inom ett och samma forskningsprojekt följer samma process eftersom bilder av biologiska prover analyseras mot varandra och olika system aldrig kan reproducera bildupptagningen exakt. I den mån ett annat system skulle installeras skulle vi alltså först vara tvungna att byta ut det befintliga VSlide-system vi redan har samt införskaffa det andra system vi nu vill köpa för att verkligen öka kapaciteten. I annat fall skulle varje projekt vara låst till ett av systemen och det är omöjligt att förutsäga hur mycket belastning ett projekt kommer utgöra och när eftersom flertalet projekt spänner över flera år. Förutom ökning av kapacitet är en viktig anledning till at vi behöver ett nytt system att ha en reserv och även detta förutsätter två identiska system. Vi arbetar med oersättliga kliniska prover och bildtagningen är ett tidskritiskt steg i analysen och om vi har två system så säkrar det upp för eventuell instrumentkrasch.

I det fall vi behöver installera ett annat system skulle vi alltså ersätta det befintliga till en uppskattad kostnad av 1-1,5 miljoner SEK. Vi skulle också behöva utveckla om vår laboratoriepipeline från början, med nya SOPar och helt nya valideringar av processen. Som beskrivits ovan skulle vi förlora flera manår av arbete på detta och rekrytera en heltidsanställd för denna uppgift.

Av tidigare beskriven anledning skulle vi också behöva repetera laborativt arbete inom pågående projekt till en uppskattad kostnad av 20 miljoner SEK.

För NGI är det viktigt att kunna starta upp servicen så snart som möjligt enligt en validerad och standardiserad process och att modifiera protokoll och optimera inställningar skulle resultera i mycket förlorad tid.

Visma annons: https://opic.com/id/afejbdwmey