Instrumentering för automatiserad vätskehantering i nanolitervolymer

Den nationella genomikinfrastrukturen (NGI) avser införa en ny teknologi för att med storskalig sekvensering (NGS) analysera proteinnivåerna i kliniska prover. NGI har ett mycket stort forskningsprojekt som ska genomföras under 2021 med mer 10 000 prover. Den ovan nämnda utrustningen är nödvändig för att NGI ska kunna utföra detta uppdrag.

Den nationella genomikinfrastrukturen (NGI) avser införa en ny teknologi för att med storskalig sekvensering (NGS) analysera proteinnivåerna i kliniska prover. NGI har ett mycket stort forskningsprojekt som ska genomföras under 2021 med mer 10 000 prover. Den ovan nämnda utrustningen är nödvändig för att NGI ska kunna utföra detta uppdrag.

Förklaring:

Lagrum, tilldelning av kontrakt med användning av undantagsförfarande.

Upphandlingen avser tilldelning av kontrakt i enlighet med LOU 6 kap. 14 §, punkt 2.

Sammanfattning

Den nationella genomikinfrastrukturen (NGI) avser införa en ny teknologi för att med storskalig sekvensering (NGS) analysera proteinnivåerna i kliniska prover.

Anskaffning av denna utrustning, av annan än nedan angivna leverantör, är ej möjlig. Teknologin har utvecklats av företaget Olink Proteomics AB (Olink) och kräver tillgång till instrumentering för automatiserad vätskehantering i nanolitervolymer. Tekniken baseras på den av Olink utvecklade Olink Explore metoden, som kombinerar multiplex Proximity Extension Assay (PEA) med Next-Generation DNA Sequencing (NGS) med Illuminas Novaseq instrument, för att mäta proteinmängder i ett prov.

Olink har under flera år utvecklat denna teknik och optimerat den för en specifik serie av instrument för automatiserad pipettering i nanoliter och mikroliter volymer. Dessutom har Olink utvecklat en avancerad programvara för att kunna utföra de olika stegen i processen. Denna optimering omfattar komplicerad pipettering av nanolitervolymer av vätskor med mycket hög viskositet och kan inte utföras på någon annan utrustning. För att kunna införa denna teknologi och tillhandahålla den som service måste NGI införskaffa den utrustning som Olink optimerat sin analysteknologi för.

Bakgrund

NGI har ett mycket stort forskningsprojekt som ska genomföras under 2021 med mer 10 000 prover. Den ovan nämnda utrustningen är nödvändig för att NGI ska kunna utföra detta uppdrag.

Specifikation av utrustningen och dess användning:

Benämning av utrustningen/analysen.

Instrumentering för automatiserad proteinanalys kallad PEA-NGS i enlighet med specifikationen för Olink Explore.

Beskrivning av varan

Analysen innefattar automatiserad pipettering av blodplasma eller andra kliniska prover i nanoliter skala för att utföra den av Olink utvecklade metoden för storskalig proteinanalys, PEA-NGS, med hjälp av de reagens som Olink tillhandahåller, Olink Expore. För att kunna utföra dessa analyser behöver NGI dels ett antal instrument för automatiserad pipettering och dels en av Olink Proteomics utvecklad programvara för att styra dessa instrument.

Instrumenten innefattar:

Pipetteringsrobot Mosquito LV genomics. Mosquito LV-system med 5 däck positioner och fuktighetskammare används för automatiserad spädning av proverna samt dispensering av reagens.

Pipetteringsrobot Dragonfly Discovery med 3 huvuden används för dispensering av mycket små volymer vätska i 384-hålsplatta inför spädning av kliniska prover, samt uppsättning av PCR.

Pipetteringsrobot EpMotion 5075lc med 8-kanalers dispenseringshuvud för 1 - 50 ul respektive 0 . 2 - 10 ul volymer används för PCR, indexering av prover samt för att poola prover från 384-hålsplatta.

Utöver dessa instrument behöver NGI den programvara som Olink utvecklat för styra pipetteringsrobotarna och utföra de många stegen i analysen. Denna programvara kan bara tillhandahållas av Olink och har tagit dem flera år att utveckla. Ingen annan programvara finns tillgänglig för att utföra analysen, vare sig med denna eller annan instrumentering. Att utveckla en motsvarande funktionalitet med en annan instrumentering skulle kräva flera år. När analysprocessen är uppsatt vid NGI kommer NGI att bli godkända av Olink som certifierat analyslaboratoriet för deras teknologi.

Beräknad totalkostnad är ca 2.5 MSEK, där beloppet innefattar hårdvara, programvara samt installation.

Universitetet kommer i ovan beskrivna upphandling att teckna kontrakt tidigast 18.11.202.