2018-OJS242-552781-sv

Rättslig grund:

direktiv 2014/24/EU

Avsnitt I: Upphandlande myndighet/enhet

I.1.

Namn och adresser
Officiellt namn: Kungliga Tekniska högskolan

Nationellt registreringsnummer: 202100-3054

Postadress: Teknikringen 30

Ort: Stockholm

Nuts-kod: SE11 Stockholm

Postnummer: 10691

Land: Sverige

Kontaktperson: Kicki Holmberg

E-post: hoki@kth.se

Internetadress(er):

Allmän adress: http://www.kth.se

I.4.

Typ av upphandlande myndighet
Statligt organ eller förbundsorgan

I.5.

Huvudsaklig verksamhet
Utbildning

Avsnitt II: Föremål

II.1.

Upphandlingens omfattning

II.1.1.

Benämning på upphandlingen

Purchase of an End-to-End Computational System for Accelerated Processing of Binary Sequencing Results Files (BCL Format) to Variants (VCF Format)

Referensnummer: C-2018-2157

II.1.2.

Huvudsaklig CPV-kod
48200000 Programvara för nätverk, Internet och intranät

II.1.3.

Typ av kontrakt
Varor

II.1.4.

Kort beskrivning

KTH intends to purchase the Dragen Bio-IT platform for ultra-rapid analysis of next generation sequencing data. The system achieves rapid computations by moving these to a field programmable gate array (FPGA). Cost and time savings compared to conventional high-performance computing systems are significant. The Dragen system was initially developed by Edico Genome, and the company was in early 2018 acquired by Illumina.

The system will also be used to extend ongoing research projects where thousands of genomes have already been analysed using GATK best practice for variant calling. We therefore require that the system must be able to run the GATK haplotype variant caller in order to complement these studies.

KTH carried out a public procurement of a computational system in 2017 fulfilling a set of specifications (KTH public procurement XXX). In this process, Edico Genome was the only company responding and providing a tender. Due to a delay in the process, the actual purchase process

II.1.6.

Information om delar
Kontraktet är uppdelat i flera delar: nej

II.1.7.

Upphandlingens totala värde
Värde exkl. moms: 41 000,00 USD

II.2.

Beskrivning

II.2.2.

Ytterligare CPV-kod(er)
48210000 Programvara för nätverk, 48211000 Programvara för plattformskompatibilitet, 48810000 Informationssystem

II.2.3.

Plats för utförande

Nuts-kod: SE11 Stockholm

II.2.4.

Beskrivning av upphandlingen

We intend to buy one on-site server (“the system”) for FPGA card accelerated computations of NGS data as well as 1-year license for processing of 100 000 Gb of data (equivalent of approximately 1 200 human genomes). The system is the only one on the market that provides the ability to both

1) rapidly process binary sequencing results files (BCL files) and demultiplex reads to render raw data (FASTQ files);

2) rapidly align the obtained reads to a reference genome and thereafter call sequence variants using the industry-standard, GATK best practice model. The system is patented (e.g., US 9 483 610) with a number of additional applications pending.

There are other systems on the market who can achieve the processing of FASTQ data to variants, either using GATK best practice or similar approaches. However, these systems do not enable accelerated processing of BCL to FASTQ data. For our time-critical applications, the ability to rapidly process a DNA sample to raw data and further to resul

II.2.5.

Tilldelningskriterier

II.2.11.

Information om optioner
Option: nej

II.2.13.

Information om EU-medel
Kontraktet är knutet till projekt och/eller program som finansieras med EU-medel: nej

II.2.14.

Kompletterande upplysningar

Avsnitt IV: Förfarande

IV.1.

Beskrivning

IV.1.1.

Typ av förfarande

Tilldelning av kontrakt utan att ett meddelande om upphandling först offentliggjorts i Europeiska unionens officiella tidning, i de fall som räknas upp nedan

Kontraktet ligger utanför direktivets tillämpningsområde

Förklaring:

Illumina is the only seller of the Dragen Bio-IT system and there are no other systems on the market capable of rapidly processing BCL data to VCF (results). We consider this has been demonstrated by the fact that when originally procured in the public procurement at KTH (Xxx) we received only the tender from Edico Genome (since then acquired by Illumina). Further, our recent market investigations have shown that there are no additional providers of solutions similar to this FPGA accelerated processing of binary sequencing results files to called variants (results).

IV.1.3.

Information om ramavtal

IV.1.8.

Information om avtalet om offentlig upphandling
Upphandlingen omfattas av avtalet om offentlig upphandling: ja

IV.2.

Administrativ information

Avsnitt V: Tilldelning av kontrakt/koncessioner

V.2.

Tilldelning av kontrakt/koncessioner

V.2.1.

Datum för beslut om tilldelning av kontrakt
11/12/2018

V.2.2.

Information om anbuden

Kontraktet har tilldelats en grupp av ekonomiska aktörer: nej

V.2.3.

Entreprenörens/koncessionshavarens namn och adress
Officiellt namn: Illumina AB

Nationellt registreringsnummer: 556867-0847

Postadress: Frejgatan 13, Box 1516

Ort: Stockholm

Nuts-kod: SE11 Stockholm

Postnummer: 114 79

Land: Sverige

Telefon: +46 793415959

Uppdragstagaren/koncessionsinnehavaren kommer att vara ett litet eller medelstort företag: ja

V.2.4.

Upplysningar om kontraktets/delens/koncessionens värde
Uppskattat totalt ursprungligt värde av kontraktet/kontraktsdelen/koncessionen: 41 000,00 USDKontraktets/delens/koncessionens totala värde: 41 000,00 USD

V.2.5.

Information om underentreprenader

Avsnitt VI: Kompletterande upplysningar

VI.3.

Kompletterande upplysningar

Visma notice: https://opic.com/id/afwalfyuvz

VI.4.

Överprövningsförfaranden

VI.4.1.

Behörigt organ vid överprövning
Officiellt namn: Förvaltningsrätten i Stockholm

Ort: Stockholm

Land: Sverige

VI.5.

Datum då meddelandet sänts
11/12/2018