Za rješavanje o žalbama nadležna je Državna komisija za kontrolu postupaka javne nabave. Žalbeni postupak vodi se prema odredbama ZJN 2016, Pravilnika o elektroničkoj žalbi u javnoj nabavi i Zakona o općem upravnom postupku. Žalbeni postupak temelji se na načelima javne nabave i upravnog postupka. Pravo na žalbu ima svaki gospodarski subjekt koji ima ili je imao
pravni interes za dobivanje ugovora o javnoj nabavi i koji je pretrpio ili bi mogao pretrpjeti štetu od navodnoga kršenja subjektivnih prava. Žalba se izjavljuje Državnoj komisiji u pisanom obliku i dostavlja neposredno ili poštom na adresu Koturaška cesta 43/IV, 10000 Zagreb ili putem sustava e-Žalba. Smatra se da je žalba koja je predana putem sustava e-Žalba potpisana.
Žalba se dostavlja neposredno, putem ovlaštenog davatelja poštanskih usluga ili elektroničkim sredstvima komunikacije putem međusobno povezanih informacijskih sustava Državne komisije i EOJN RH (sustav e-Žalba). Žalitelj je obvezan primjerak žalbe dostaviti naručitelju u roku za žalbu na dokaziv način (ukoliko nije uputio žalbu putem sustava e-Žalba EOJN).
U otvorenom postupku žalba se izjavljuje u roku deset (10) dana, i to od dana:
1. objave poziva na nadmetanje, u odnosu na sadržaj poziva ili dokumentacije o nabavi, 2. objave obavijesti o ispravku, u
odnosu na sadržaj ispravka,
3. objave izmjene dokumentacije o nabavi, u odnosu na sadržaj izmjene dokumentacije,
4. otvaranja ponuda u odnosu na propuštanje naručitelja da valjano odgovori na pravodobno dostavljen zahtjev dodatne
informacije, objašnjenja ili izmjene dokumentacije o nabavi te na postupak otvaranja ponuda,
5. primitka odluke o odabiru ili poništenju, u odnosu na postupak pregleda, ocjene i odabira ponuda, ili razloge poništenja.
Žalba mora sadržavati najmanje podatke i dokaze navedene u članku 420. ZJN 2016. Žalitelj koji je propustio izjaviti žalbu u
određenoj navedenoj fazi postupka gubi pravo na žalbu u kasnijoj fazi postupka na prethodnu fazu.